U ekološkoj proizvodnji u borbi protiv insekata i dr. štetnika koriste se i razni mikroorganizmi (bakterije, virusi, gljivice). Nije dopuštena primjena genetski modificiranih organizama niti njihovih derivata.
Značajnu primjenu imaju bakterije vrste Bacillus thuringiensis. Različiti sojevi ove bakterije djeluju na različite skupine insekata. Tako npr. B.t. var. kurstaki djeluje na leptire (npr. maslinov moljac, sovice), a B.t. var. tenebrionis na kornjaše (npr. krumpirovu zlaticu).
B. thuringiensis je bakterija u obliku štapića koja u procesu sporulacije stvara proteinske kristale. Ti proteinski kristali iskazuju insekticidno djelovanje samo kad dospiju u probavni sustav ličinki osjetljivih insekata. Uzrokuje smrt paralizom probavnog sustava. Toksični spojevi se aktiviraju u visokom pH (>9) probavnog trakta. Smrt nastupa nakon 3-5 dana zbog gladovanja i otrovanja. Ne djeluje na jaja ni na odrasle insekte, stoga je vrlo važan monitoring razvoja štetnika kako bi se odredio pogodan trenutak primjene.
Bacillus thuringiensis visoko je selektivan i nije toksičan za ljude. izvor:
http://www.hic.hr/vrt22.htm