Kako je endometrioza estrogenski ovisna bolest, estrogen pogoršava njezine simptome. Osim estrogena, loš utjecaj na simptome endometrioze ispoljavaju i prostaglandini F2alfa serije. Cilj promjena u prehrani je smanjenje proizvodnje viška estrogena u tijelu i postizanje ravnoteže eikosanoida (prehrana koja uravnotežuje razinu eikosanoida). Savjetuje se redovita uporaba fitoestrogena iz soje - tofu, tempeh, miso, prehrana bogata vlaknima kao i visok sadržaj glavičastog povrća u prehrani (kelj, brokuli, kupus, repa), namirnica koje utječu na razinu estrogena. Povećati unos antioksidativnih vitamina i minerala, kao i vitamina B skupine, te magnezija.