Ukratko...
Prvo, postoje kliničke studije u kojima se prati reaktogenost cjepiva da se odredi koje se nuspojave javljaju kojom učestalošću.
Nadalje, postoje takozvani "signali" u postmarketinškom praćenju koji upućuju da bi neka pojava mogla biti nuspojava cijepljenja (za one koje se javljaju toliko rijetko da ih se ne uoči u kliničkim studijam, ili se na njih ne misli u kl. studijama). Tome također služe i prikazi anegdotalnih slučajeva. Kada se takav "signal" uoči, provode se epidemiološke studije da se provjeri postoji li veza između cijepljenja i javljanja takve pojave.
Na temelju toga se uglavnom zna što cjepiva uzrokuju i s kojom učestalošću. To se znanje kontinuirano dopunjuje jer se stalno prati javljanje signala i testira povezanost sa cijepljenjem (npr. nedavvno otkriven mali porast intususcepcije nakon rotavirusnog cijepljenja ili javljanje narkolepsije nakon cijepljenja pandemijskim cjepivom u Finskoj i Švedskoj). Ako se još može i objasniti mehanizam nastanka nuspojave, super. Ako ne može, opet se prihvati ako je iz epidmeioloških studija jasno da je rizik povećan nakon cijepljenja.

A na individualnoj razini, za neke je nuspojave jasno odmah da su uzrokovane cjepivom, (npr. lokalna reakcija) ali za večinu se može tek s manjom ili većom vjerojatnošću pretpostaviti da je cjepivo uzrok, tek na temelju isključivanja drugih mogućih uzroka takvog stanja. Pri tome svakako treba uzeti u obzir poznatu učestalost javljanja te nuspojave (ako je poznata), baseline učestalost tog stanja u populaciji, epidemiološku situaciju pogotovo kod febrilnih reakcija itd...
Vrlo su rijetke nuspojave kod kojih se može definitivno dokazati laboratorijskim metodama da se radi o nuspojavi cijepljenja (npr. kod postvakcinalnog mumpsa ili meningitisa, nalaz virusa mumpsa u likvoru ii brisu izvodnog kanala slinovnice, uz identifikaciju cjepnog soja genskim sekvenciranjem).

Nekim rutinskim laboratorijskim testovima se može smo potvrditi stanje, ali se ne može reći što je uzrok.

A zakaj to tebe tako muči?

Cijepljenje ne izaziva "virozu". Tako da ako dijete nakon cijepljenja dobije virozu i pogorša mu se astma, to nema veze s cijepljenjem.

Bi li ti išta značilo znati što sam po struci? Bi li više vjeorvala ovome što ja pišem nego Davoru, mami Juaniti, suzaks, solange, stray_cat i sličnima kad bih napisao da sam medicinska sestra, doktor ili biolog?