No u crkvenim okvirima, bio je rimski biskup
konzervativnih pogleda. Nije dopuštao raspravu o celibatu, o ulozi žena u Crkvi, osudio je teologiju oslobođenja u Južnoj Americi i brojne druge teologe koji nisu dijelili stavove s Vatikanom, dopustio da rasprava o seksualnosti i kontracepciji u Crkvi i dalje ostane tabu tema. I na tim temama se pokazalo da dolazi iz slavenske tradicionalne Poljske. I njegova želja da mu, od njega još konzervativniji kardinal
Joseph Ratzinger bude pročelnik Kongregacije za nauk vjere, dala je naslutiti
kako se u Crkvi neće ništa posebnog dogoditi u praksi, a da će oni koji su i dalje pogled usmjeravali na Drugi vatikanski koncil, kao na nadahnuće za daljnje reforme i dijalog u Crkvi, ostati nezadovoljeni u svojim željama.
Ivan Pavao II. susreo se tijekom pontifikata i s onim što je zapravo danas jedan od najvećih problema pape Benedikta XVI. – pedofilijom. Ta bolna istina, koja se dugo skrivala u Crkvi, izašla je na vidjelo i vratila se crkvenim službenicima poput bumeranga. Pedofilija je postala i glavnim razlogom onih koji tvrde kako papa Ivan Pavao II. nije zaslužio blaženičku aureolu.
